Windows ME는 Windows 9x 로의 업그레이드이며 Windows 95 및 Windows 98 용 소프트웨어의 대부분은 Windows ME에서 작동합니다. 바이러스 백신 프로그램이나 Windows 9x 용으로 설계된 유틸리티와 같은 소프트웨어가 Windows ME에서 작동하지 않거나 잘 작동하지 않기 때문에 '대다수'라고 말합니다. 파일 구조 및 구성 파일은 Windows ME에서 약간 변경되었습니다. 그러나 게임, 프로그램 및 기타 소프트웨어는 Windows ME에서 작동합니다. 소프트웨어가 작동하지 않으면 소프트웨어가 작동 할 수있는 업데이트가 있어야합니다.